Urothelkarzinom: Wenig Übereinstimmung bei NGS-Plattformen

Fortschritte in der Sequenzierung von Tumorgenomen haben zur Entwicklung verschiedener Next-Generation-Sequencing-(NGS-)Plattformen geführt. Allerdings mangelt es an Daten zur Konkordanz verschiedener NGS-Tests am selben Patienten, wie Wissenschaftler der Cleveland Clinic in Ohio in den „Annals of Oncology“ berichten.

Deshalb führte das Team um Dr. Pedro C. Barata eine Pilotstudie mit 22 Patienten durch, die an einem metastasierenden Tumor des Harntraktes erkrankt waren. Von allen Studienteilnehmern lagen NGS-Daten aus gepaartem Tumorgewebe [FoundationOne (F1)] und aus zellfreier, zirkulierender Tumor-DNA (ctDNA) [Guardant360 (G360)] vor.

Die mediane Zeitspanne zwischen der Diagnose einer Stadium-IV-Erkrankung und der ersten genetischen Testung betrug 23,5 Tage (0-767), nach einer medianen Zahl von 0 (0-3) vorherigen systemischen Therapien der fortgeschrittenen Erkrankung. Die meisten genetischen Veränderungen fanden die Wissenschaftler in den Genen TP53 (50,0 %), TERT-Promoter (36,3 %), ARID1 (29,5%), FGFR2/3 (20,5 %), PIK3CA (20,5 %) und ERBB2 (18,2 %).

Obwohl die Forscher in beiden Tests genomische Veränderungen feststellten, betrug die Gesamtkonkordanz zwischen den beiden Plattformen bei jenen sechs Patienten, bei denen beide Tests zur etwa gleichen Zeit durchgeführt worden waren (mediane Differenz 36 Tage), nur 16,4 % (0-50 %) und 17,1% (0-50 %).

Im Gegensatz dazu betrug die durchschnittliche Konkordanz bei jenen fünf Patienten, bei denen ein erneutes NGS in ctDNA nach im Median einer systemischen Therapie zwischen den beiden Tests durchgeführt worden war, 55,5 % (12,1-100,0 %). Die Mutationslast im Tumorgewebe war signifikant mit der Zahl der genetischen Veränderungen im G360-Report (p<0,001), der Zahl bekannter Mutationen (p=0,009), der Zahl von Varianten unbekannter Signifikanz (VUS) im F1-Report (p<0,001) sowie der Gesamtzahl an Mutationen (non-VUS und VUS) im F1-Report (p<0,001) assoziiert.

Die Autoren schlussfolgern daraus, dass beim fortgeschrittenen Urothelkarzinom zwischen den klinisch verfügbaren NGS-Plattformen signifikante Diskrepanzen vorliegen, auch wenn die Proben zur etwa gleichen Zeit genommen werden. Es sei deshalb notwendig, diese beiden möglicherweise komplementären NGS-Plattformen besser zu verstehen, um sie besser in die klinische Praxis integrieren zu können.

(ej)

Publikation:

Barata PC et al. Next-generation sequencing (NGS) of cell-free circulating tumor DNA and tumor tissue in patients with advanced urothelial cancer: a pilot assessment of concordance. Ann Oncol 2017;28(10):2458-2463. https://doi.org/10.1093/annonc/mdx405